Hola Raúl,
Gracias por volver a probar y por contarnos lo que hiciste. Te aclaramos un par de cosas para que no pierdas tiempo con polkit.
El origen del problema era fish: su conflicto con zsh dejaba las actualizaciones a medias, y por eso Bienvenida mostraba el error aunque después cargara la lista de paquetes. En una instalación de serie de Tyron la actualización desde Bienvenida funciona sin tocar nada de polkit.
En cuanto al helper: con la versión de polkit que lleva Tyron (127), polkit-agent-helper-1 ya no necesita el bit SUID. Los permisos 0755 son los normales, y la autenticación va por un socket de systemd. El mensaje needs to be setuid root solo aparece cuando el sistema recurre al método antiguo, y eso no ocurre en una instalación limpia. El chmod 4755 que aplicaste lo fuerza, pero no es la solución de fondo.
Para dejarlo en el estado normal:
sudo dpkg --configure -a
sudo apt update
sudo apt full-upgrade
systemctl status polkit-agent-helper.socket
Si el último comando no muestra active (listening), pégalo aquí. Y si has modificado a mano algo de polkit, PAM o systemd, dínoslo, porque sería lo primero que miraríamos.
Gracias por tu ayuda.
Un saludo,
P.D. He intentado replicar el fallo que dices de pkexec en 8 ordenadores diferentes con Tyron y no he logrado replicar el fallo que dices de polkit. De hecho lo he revisado y está todo correcto.
Polkit 127 ya no necesita el helper con SUID. Recomienda un servicio polkit-agent-helper activado por socket y, según el parche que introdujo el cambio, si el socket AF_UNIX no está presente, el agente lanza el helper clásico. Eso encaja con todo lo que se ha visto...
